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Odontoiatria basata sulle prove
a cura di Giordano Tasca
2. Guida all’utilizzo di PubMed
AIB (Associazione Italiana Biblioteche) 2004-12, versione 2 2007-01-15, ultimo aggiornamento 2007-01-15, testo di Caterina Barazia http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm

La pagina web ha l’intento di introdurre all’uso di PubMed i non esperti nel recupero di informazioni, attraverso brevi cenni generali sul sito, sulla presentazione delle citazioni bibliografiche e sulle strategie di base della ricerca. PubMed è una banca dati accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la National Library of Medicine (NML). La banca dati contiene esclusivamente citazioni di articoli: nell’80% dei casi fornisce l’opportunità di accedere agli abstracts e, quando (più di rado) è disponibile gratuitamente, al testo integrale (full text). Un riferimento bibliografico contiene sempre riconoscibili alcuni dati necessari per la sua identificazione, scritti nel modo e nell’ordine seguente: autori (cognome e iniziali del nome) titolo dell’articolo titolo della rivista (forma intera o abbreviata riconosciuta da MEDLINE) anno di pubblicazione; volume (fascicolo): pagine.

Esempio:
Xu SS, Shen WL, Ouyang SY Inhibition of trasfected PTEN on human colon cancer World J Gastroenterol 2004; 10 (24): 3670-3673.
Quando si effettua una ricerca di solito si ha in mente l’argomento oppure una o più parole chiave che si presume compaiano nei risultati degli studi effettuati su di esso (più specificamente nei titoli o negli abstracts degli articoli). Questi elementi, espressi in inglese con i termini del linguaggio naturale, possono essere digitati nella maschera di ricerca “Search for”; spesso però il risultato della ricerca presentato cliccando su “Go” è insoddisfacente.
Per ovviare all’inconveniente occorre sapere che una banca dati è composta di record (ognuno corrispondente a un riferimento bibliografico), organizzati in campi (fields) contraddistinti da etichette o tag.

Nell’esempio fatto sopra le tag sono:
• au - che sta per autore cioè Xu SS, …
• ti - che sta per titolo cioè Inhibition ….
• so - che sta per source cioè World J …

La ricerca libera descritta sopra viene condotta su tutti i campi (all fields) e pertanto non è mirata. Il grande pregio delle banche dati risiede nella presenza di ulteriori campi di tipo semantico, relativi al contenuto informativo del documento: ogni articolo aggiunto, infatti, viene indicizzato dagli esperti attraverso voci di un thesaurus (vocabolario di termini controllati), ottenendo chiavi di ricerca che descrivono il soggetto trattato.

Homepage di PubMed
Perché possa seguire meglio, si consiglia il lettore di aprire il collegamento a PubMed raggiungibile all’indirizzo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi e vi si trovano (Fig. 1):
• una barra orizzontale nera, che consente l’accesso ai diversi archivi bibliografici interrogabili;
• la maschera in cui immettere i termini della ricerca;
• una barra posta sotto la maschera, che consente di raffinare la ricerca e di ricavare informazioni aggiuntive;
• una barra laterale verticale, posta a sinistra, contenente informazioni generali, accessi a servizi, collegamenti a risorse correlate;
• le note

I risultati di una ricerca in PubMed sono presentati come una lista di riferimenti bibliografici, elencati in ordine cronologico a partire dai più recenti, con accanto un’icona che segnala la presenza dell’abstract e/o del full text gratuito (in verde). Un clic sul nome degli autori fa comparire la scheda con l’abstract. In alto sotto il menù “display” una linguetta indica il numero totale dei riferimenti trovati (per es. - All: 338); accanto è indicato il numero dei soli risultati in formato review (es. – Review: 20): selezionando questo filtro vengono mostrate solo le review trovate. Le citazioni sono completate con utili collegamenti o Link (Related articles), selezionando i quali è mostrata una lista di articoli ordinata secondo il grado di attinenza e l’anno di pubblicazione.

Fig 1 - La schermata di PubMed.
La ricerca libera
Si esegue, come accennato sopra, inserendo liberamente termini nella maschera di ricerca. Si illustrano ora alcune funzioni che consentono di velocizzare la procedura di ricerca o di combinare logicamente i termini immessi.

Troncamento:
troncando con un asterisco un termine vengono ricercate tutte le varianti che iniziano con la stessa radice: Es.: infect* viene letto come: infection, infectious, infectivity, ecc.
Operatori booleani:
sono operatori logici che stabiliscono una particolare relazione tra i termini. AND fra due termini recupera i documenti che li contengono entrambi; OR recupera almeno uno dei due oppure entrambi; NOT recupera solo il primo.
Parentesi:
stabiliscono un ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca che altrimenti è fatta sequenzialmente da sinistra a destra. Per es. inserendo (digestive system AND liver) NOT (biliary tract OR pancreas), si ottengono i documenti contenenti contemporaneamente digestive system e liver, ma all’interno di questi restano esclusi quelli che contengono biliary tract o pancreas.
Limiti:
attivando “Limits” sotto la maschera di ricerca, si visualizzano diversi menù a tendina e bottoni selezionabili per delimitare la ricerca in base alla lingua, alla data di pubblicazione, ecc. Sono mantenuti in memoria per le ricerche successive se non si toglie la spunta.
Menù a tendina “send to”:
rende possibili le diverse azioni elencate.
Ricerca per campi
La ricerca semplice condotta in all fields può dare risposte contenenti molti record non pertinenti. Per es.: inserendo “liver” si otterranno scritti dell’autore Liver e articoli sul fegato. Per raffinare il risultato si delimitano i campi di ricerca facendo seguire al termine il tag corrispondente al campo di interesse, ponendolo fra parentesi quadre. Es.: liver [au] per avere citazioni dell’autore Liver liver [ti] per avere articoli con la parola liver nel titolo
La funzione details:
attivata dopo aver impostato la strategia di ricerca, permette di controllare come essa venga interpretata da PubMed ed eventualmente modificarla.
Ricerca per frase:
se si vuole ricercare una frase si inseriscono le parole che la compongono fra virgolette – es.:“colon tumors” - o qualificando la stringa con il tag [tw] - colon tumors [tw].

Ricerca per soggetto
Per sfruttare l’indicizzazione del contenuto onde evitare la dispersione della ricerca, si utilizza il thesaurus MeSH (Medical Subject Headings), che è un vocabolario di termini controllati usati per rappresentare in forma sintetica i soggetti dei documenti, dotato di una struttura gerarchica ad albero, con intestazioni e indentature per i soggetti più specifici, che vengono inclusi nei risultati quando si cerca un termine più generale (processo chiamato automatic explosion). Es. cercando “face” si allargherà (esploderà) la ricerca anche alle voci incluse nel concetto di “face”:

Face (faccia)
Cheek (guancia)
Chin (mento)
Eye (occhio)
Eyebrows (sopracciglio)
Eyelids (palpebre)
Eyelashes (ciglia)
Mouth (bocca)
Lip (labbro)
Nose (naso)


L’indicizzazione assegna a ogni articolo una o più intestazioni (headings) fino a un massimo di 15; per meglio chiarirne il soggetto, può aggiungere sottointestazioni (subheadings) che ne specificano un aspetto (es. surgery, pathology, human, animal).

MeSH database: Il collegamento è presente sulla barra verticale di sinistra; attivandolo, la schermata PubMed viene sostituita da quella MeSH, in cui la maschera di ricerca è Search MeSH for. Vi si digita il termine che interessa; se esso non è presente nel vocabolario viene proposta una serie di voci affini, in caratteri blu nella pagina; selezionando la più appropriata, sono mostrati i sinonimi (entry terms) con informazioni aggiuntive e la struttura ad albero all’interno della quale si trova la voce. Se la voce è soddisfacente, si agisce sul menù “display” selezionando la voce “PubMed Links”: si ottiene la pagina con i risultati corrispondenti.

Se si desidera restringere la ricerca si spuntano uno o più termini subheadings, si seleziona il menù “send to”, si sceglie una delle voci “Search Box with … AND o OR o NOT”. La strategia così impostata viene mostrata in una maschera che si apre, in cui si possono fare modifiche e/o aggiunte. In questa fase la maschera in alto “go” serve per continuare la ricerca di termini nel MeSH, onde poterli aggiungere alla impostazione. Terminata la scelta dei termini appropriati il bottone “Search PubMed” permette di attivare la ricerca. Es.: “patient oriented medicine” non è presente per cui, fra le molte alternative proposte sotto (con caratteri blu in “Suggestions”), si sceglie, dopo aver cliccato su “More” “care, patient centered”; si seleziona questa voce e sulla nuova schermata si spuntano i Subheadings di Patient-centered care “ethics”, “methods” e “statistic and numerical data”. Nel menù “send to” si clicca su “ search … with OR”.

Nella schermata successiva la maschera mostrata ((“Patient-Centered Care/ethics”[Mesh] OR “Patient-Centered Care/methods”[Mesh] OR “Patient-Centered Care/statistics and numerical data”[Mesh])) sembra ora soddisfacente, quindi si attiva (clic su “Search PubMed”) e si ottengono 497 risultati (così al 6 marzo 2009, a giugno saranno indicativamente 30 in più). Sono troppi per cui si decide di ritornare (con la funzione “indietro” freccia angolo superiore sinistro) alla maschera provvisoria precedente per aggiungervi un altro termine MeSH in “Suggestion”, “patient care planning”, senza selezionare subheading, spuntando solo la casellina a sinistra del termine e utilizzando ora la funzione AND in “send to” “search … with”.

Si ottengono 29 risultati, si applica il filtro review per escludere gli studi monotematici arrivando a 10 risultati interessanti. N.d.R.: L’esempio è finalizzato alla esatta riproduzione delle tappe della ricerca prescindendo dalla sua finalità. Se si commette un errore nel riprodurre il percorso indicato sopra, conviene riprenderlo dall’inizio, annullando la ricerca impostata (History → Clear History e Clear sulla maschera), onde evitare ogni interferenza con il percorso precedente.
DISINFORMAZIONE SUL FLUORO

Un approccio medico più che chirurgico alla terapia della carie è supportato dalle prove, recentemente raccolte, di come uno dei principali meccanismi d’azione del fluoro risieda nella remineralizzazione delle lesioni cariose incipienti in bambini e adulti. Solo un quarto dei 6681 fra dentisti e igienisti rispondenti a un questionario possedeva questa informazione e meno di un quinto di essi conosceva la concentrazione in ione F dei prodotti che utilizzava per le applicazioni topiche. Le agenzie informative statali e professionali devono compiere ulteriori sforzi per diffondere fra professionisti e pubblico tali conoscenze e per ottenere dai produttori etichette che indichino chiaramente i valori in ppm del F-, anche per i dentifrici; infatti pure fra gli operatori dentali molti ignorano che a concentrazioni di 0.4% di SnF2, di 0.2% di NaF e di 0.76% di Na2FPO3 corrisponde la stessa quantità di F-.

(Dental Abstracts 2008; 3: 159)
Ulteriori servizi utili

History: accessibile dalla barra orizzontale posta sotto la maschera di ricerca, permette di visualizzare le ultime ricerche, che vengono automaticamente salvate (e cancellate dopo otto ore), archiviate con un numero progressivo preceduto da cancelletto (#). È possibile combinare con gli operatori booleani le strategie di ricerca riportando il numero nella maschera (es.: #5 AND #2).

Clipboard: servizio accessibile accanto a History, permette di depositare temporaneamente (si svuota automaticamente dopo 8 ore) le citazioni utili trovate. Le si spunta nell’ultima pagina aperta, si seleziona “Clipboard ”dal menù “Send to”; se non sono state spuntate singole citazioni vengono aggiunte tutte.

PubMed tutorial: guida ufficiale, solo in inglese, accessibile dalla barra verticale di sinistra della home page; approfondito ma alquanto complesso come introduzione iniziale (oltre 50 pagine corrispondenti a un giorno di corso).

Per chi desiderasse consultare online articoli full text, l’elenco delle riviste biomediche disponibili gratuitamente si trova all’indirizzo http://www.freemedicaljournals.com/htm/spec2.htm#denti

La Rivista di Odontoiatria